自顺治初年以来，漳浦战乱频繁，经历“迁界”、“复界”，赋役管理十分混乱。复界后，田地易主，而赋额仍计旧主，旧田主逃避“乱粮”，而新田主占据田地却无赋额。且官米、民米等则不同，田赋轻重不均，土豪滑吏相倚为奸，武断乡曲。丁粮版籍，岁久混淆，百弊丛生，百姓不堪其苦。陈汝咸针对现状采取编粮均户，使人丁归籍，令百姓自报丁口田产，自封投寄，就地定户，以人定产，凡有田之人，皆必立户，纳粮多者开为首户，实行滚单法，以次轮催。赋役编审定额后，详细列榜张贴城墙公布，使百姓家喻户晓，时人称为创举，百姓赞其公平，地方势家和里胥、差役无法营私舞弊，衰户弱民不再无端受榨，积弊为之一清。康熙三十九年(1700年)，陈汝咸着手重新编定保甲，以10家为1甲，每20甲为1保，全县编定166保。每甲立10家牌式，以人口最多一户为甲长，同9家互相稽察，诘奸禁暴，保甲管理严密得法，城乡社会秩序渐趋安定。
陈汝咸还致力于治学教化，在县内创设4所义学，修建学宫，建铜山南溟书院，云霄朱文公祠等；每月逢初三、十八两天，都亲自到明伦堂为学生讲习五经、性理等书课，他提倡古学，文风为之一变。得知明诚书院被僧人占据，陈汝咸亲带县役人员驱逐僧人，尽扫佛象，恢复黄道周讲学处的风貌，延师书院中，训励士子，并写《明诚书院记》以记之。
陈汝咸在漳浦以为政廉明著称。他性警敏，处理案件迅速而慎重，一般民事诉讼，只用字面通知，不派差役拘捕，并能以理以法公正断案，百姓赞其宽恕。
康熙四十六年(1707年)六月，连日暴雨。溪流骤涨，大水淹没南门外民居，百姓上屋顶求救，陈汝咸亲自登南门城楼，急募集小船拯救，又用大索扎木筏十多架，分头抢救难民，并通令每抢救一人给钱三十文，不多时，受灾男女老幼全部得救。
陈汝咸在漳浦县任职12年间，曾组织两次续修《漳浦县志》，第一次是康熙三十六年(1697年)聘请县人进士林绍祖、举人林登虎主编；第二次是康熙四十七年(1708年)再续修。两次续修县志共20卷，陈汝咸亲自撰写“赋役”等篇，为漳浦留下了存史、资政等翔实的珍贵文化遗产。陈汝咸倡修双溪坝、得仙桥，毁东岳庙，把无为教经堂改为育婴堂等等，政绩显著，深受百姓赞颂。康熙四十七年(1708年)，陈汝咸调任南靖县知县，离任之日，漳浦百姓遮道挽留，但因皇命不可违，他只得趁夜离开漳浦。漳浦县百姓在他离任后建月湖书院，塑其象永祀之。
陈汝咸著作有《兼山堂遗稿》、《漳浦政略》，还有多篇诗文被载入《漳浦县志·艺文志》。