焦竑是明代著名的藏书家。《明史·文苑·焦竑传》载：“（焦竑）博极群书，自经史至稗官，无不淹贯，善为古文，典正训雅，卓然名家。”《中国藏书家考略》载：“（焦竑）藏书两楼，五楹俱满。”在今江苏省南京市珠江路同仁街，1994年前有一座坐北朝南的双层木结构建筑，它就是南京地区传世最久的私家藏书楼建筑——澹园藏书楼。藏书楼建筑面积达350平方米。在南京，民间俗称为“焦状元楼”。
焦竑幼年、成年家境并不富裕，使焦竑自幼形成了嗜书、集书、抄书及后来条件改善后刻板印书的习惯。集腋成裘，使他成为晚明最大的私人藏书家，有“北李南焦”之说（李指齐东李开先，山东章丘人，明代戏曲家）。焦竑的藏书以抄本和宋明刊本居多。焦竑曾为自己丰富的藏书，编辑了一部两卷本的《焦氏藏书目》。藏书楼有“澹园”、“抱瓮轩”、“竹浪斋”、“万轴稷”、“五车楼”、“欣赏斋”，等，自经史至稗官杂说，无不收罗。《澹生堂藏书训》记其“金陵焦太史弱侯，藏书两楼，五楹俱满。余所目睹，而一一皆经校雠探讨”。钱曾亦称“近代藏书家，推章丘李（开先）氏，金陵焦氏”。曾编有《焦氏藏书目》2卷、《欣赏斋书目》6卷，均已佚。其“澹园”藏书楼一直保存至1994年，南京修建同仁大厦时被拆，历经400余年。焦竑把自己的藏书楼命名为“五车楼”，把书房命名为“欣赏斋”——焦竑对收藏到的每一部书，几乎都经过了亲自校勘，并盖有“澹园焦氏珍藏”、“子子孙孙永保”、“弱侯读书记”、“竹浪斋品”、“弱侯”、“抱瓮轩”、“漪南生”等印章。他的藏书曾经代表着明代南京地区私家藏书的最高水准，具有全国性的影响。对于焦竑的藏书，成为一些学者研究焦竑的切入点。晚清学者叶昌炽，在《藏书纪事诗·焦竑》中写道：“委宛羽陵方蔑如，广寒清暑殿中储。校竑但惜无臣向，《七略》于今未有书。”
平生和李贽交往最厚。他认为佛经所说，最得孔孟“尽性至命”精义，汉宋诸儒所注，反成糟粕。企图引佛入儒，调和两家思想。刻印古籍甚多，大多是哲学及文学作品。他将读书札记和论文，汇集成为了二十卷本的《焦氏笔乘》，成为焦竑考据与焦竑学术思想的重要文献。
1996年12月，南京大学教授徐雁在南京出版社出版的《南京的书香》里，对《焦竑的澹园藏书》给予了专门介绍。2000年底，由国家图书馆馆长任继愈主编、出版的3卷本《中国藏书楼》，给予了系统介绍。
焦竑的藏书，在他谢世后，其出路为当时文人所关注。黄宗羲在《天一阁藏书记》中写到“余在南中，闻焦氏书欲卖，急往讯之，不受奇零之值，二千金方得为售主……”，一方面，焦氏后人万不得已，还不想卖掉先祖焦竑珍惜了一辈子的书，所以惜售不零卖；另一方面，黄宗羲拿不出“二千金”那么多钱来整状求购，后来虽托人求购，但至“余归而不果”。
在焦竑辞世二十多年后，在晚明的兵火动乱中，焦竑的藏书，最终还是散失了；“焦状元楼”也在1994年春的南京同仁大厦工程中不幸被拆毁。这让国内外众多有识之士人扼腕叹息！开始从诸多方面寻找、抢救这一中华民族的优秀文化遗产。民革全国代表大会代表、南京大学著名教授徐雁，一直十分关注焦竑及其遗产遗存的保护工作，并为之奔走呼号。