关于法藏在洛阳的政治活动，崔传记载了两件事。其一，神功元年(697)，契丹大举寇掠内地，武则天一面派军队前往应战，一面令法藏“依经教遏寇虐”。法藏上奏道：“若令摧伏怨敌，请约左道诸法。”所谓左道，是指巫蛊、方术、诅咒、祈祷鬼神等带有迷信色彩的邪门旁道，由于危害政治，一直被严禁，但这次武则天允许实行。法藏于是沐浴更衣，建立道场，设置观世音菩萨像，手持影子石佛珠，行道作法。几天后，契丹军队看见的武周军队便成了“无数神王之众”，又见“观音之像浮空而至”，因而军心大乱，被武周打败。武则天下敕表彰法藏说：“醴酒流甘于阵塞，仙驾引纛于军前。此神兵之扫除，盖慈力之加被。”其二，神龙元年(705)初，武则天病重，宰相张柬之乘机发动政变，诛杀武则天的亲信张易之、张昌宗兄弟，拥立唐中宗复位。法藏积极参预这次政变， “内弘法力，外赞皇猷。”形势稳定后，中宗赏功，让他连升三品。这对于一位不打算还俗的僧人来说，没有什么实际意义，法藏因而再三谢绝，中宗遂转赐其弟康宝藏。中宗还下诏表扬法藏道：“传无尽之灯，光照暗境；挥智慧之剑，降伏魔怨。凶徒叛逆，预识机兆，诚恳自衷，每有陈奏，奸回既殄，功效居多。”
法藏在洛阳的宗教活动，主要表现为翻译并研究佛经，以及进行佛教的宣传教育活动。
《华严经》梵文原本据说有10万偈。东晋时梵僧佛驮跋陀罗在华首次译为中文，勒为60卷，称为《六十华严》或《旧华严》《晋经》。该译本不是足本，仅有二万六干偈。武则天听说于阗(今新疆和田)有梵文足本，很想弄到。于阗僧实叉难陀闻讯，携梵本来洛阳，证圣元年(695)奉敕在大遍空寺翻译，未毕而病故，由参预译事的中外籍僧人继续翻译，法藏参预其中。崔传说他“本资西胤，雅善法言，生寓东华，精详汉字”，因而担任笔受工作，发挥主要作用。四年后新译在佛授记寺完成，勒为80卷，称为《八十华严》或《新华严》。但仍不是足本，法藏补进前此与中天竺僧地婆诃罗在长安共译出的部分内容，整理出一个较为完善的新本。 圣历二年(699)10月8日新译《华严经》告成，佛授记寺的僧人请法藏讲经义，武则天下令当月15日开讲。到腊月12日晚上，法藏讲到《华藏世界品》的“海震动”说法时，突然发生强烈地震，讲堂和寺院发出震吼之声，听众数千从未见过这种情况。该寺僧人作为喜讯向武则天上疏汇报。按照古代的天人感应说，上天常常因朝政失误而降生各种反常的自然现象来警告皇帝，这时，臣子可以直言不讳地批评皇帝，指摘时弊，皇帝也会下罪己诏向国人承认错误，同时减膳，录囚，减免赋税，施行仁政。这无疑是借助于老天爷的权威。对皇权进行某种程度的限制，使皇帝有所收敛，成为时政改弦更张的一个契机。《通鉴》卷203记载，垂拱二年(686)，武则天以皇太后的身份在洛阳临朝称制已经两年多，雍州上报新丰县(今陕西临潼)东南涌出一山，武则天下令将县名改为庆山。有人上疏说：“今陛下以女主处阳位，反易刚柔，故地气塞隔，而山变为灾。……宜侧身修德，以答天谴，不然，殃祸至矣。”这次地震本来又是一个批评武则天的机会，但因为法藏讲经的缘故，反倒被看作是吉兆瑞应。崔传说：武则天对僧人的上疏御笔批答道：“开讲之辰，感地动而标异。斯乃如来降祉，用符九会之文；岂朕庸虚，敢当六种之动!”
同时，武则天还命法藏为自己讲解新译《华严经》秉御赐法藏，华严宗义理极其深奥复杂，武则天听后茫然不解，法藏就以宫殿前的金属狮子为教具，撰写《金狮子章》，来加以开导。这一直观教学使艰深的义理变得径捷易懂，武则天遂豁然开悟。
《金狮子章》不足1100字，却囊括了华严宗的基本理论和判教说法，可谓有咫尺万里之势。所以这样，除了法藏具备高度的概括能力以外，还由于他以实物为例，深入浅出，舍弃了很多论证过程。兹引证一例：为了说明色与空的关系，《金师子章·辨色空第二》就以金体比喻佛性——空，以狮子相比喻事物——色，说：“师子相虚，唯是真金。师子不有，金体不无，故名色空。又复空无自相，约色以明。不碍幻有，名为色空。”秘密隐显俱成门是华严宗十玄门之一，以为事物有色和空两重内容，人们看到假有的一面而看不到假有所体现的实有这一面，假有显而实有隐；看到实有的一面而看不到假有的一面，实有显而假有隐。虽然或隐或显，但隐显二相，俱时成就。
法藏很善于利用教具，由此及彼，由浅入深，进行直观教育。为了说明事事无碍法门，即事物与事物之问圆融无碍的关系，他概括为因陀罗网境界门。他为武则天和那些理解力低的人准备了10面镜子，安放于八方和上下，镜面相对，距离一丈并点燃一支火炬，来照着中间安放的一尊佛像，于是每面镜子中都重重叠叠地现出佛像，以及其它镜子映现佛像的样子。在场的人一下子都明白了这一佛教理论。《宋高僧传·法藏传》总结他以实物从事教学活动时指出：“藏之善巧化诱，皆此类也。”
不久，法藏迁至长安大崇福寺当寺主。据清人徐松《唐两京城坊考》卷4记载，长安曾有三所崇福寺。敦义坊东北隅有隋代的灵觉寺，唐初废，乾封二年(667)，皇后武则天为其姐贺兰氏复立为崇福寺，但仪凤二年(677)即改名为福田寺，玄宗初废。义宁坊南门东边有隋代的真寂寺，唐初改名为化度寺，但直到大中六年(852)才改为崇福寺。显然，这两所崇福寺都不是法藏当寺主的寺院。他所在的崇福寺位于休祥坊东北隅，即当年武则天舍宅而立的太原寺，载初元年(689)改称为崇福寺，由武则天亲笔赐写飞白体寺额。因此，该寺可以看作是在长安的武周皇家寺院，选中法藏当寺主，无疑体现了武则天对他的信任和垂青。
长安四年(704)腊月，法藏供奉于洛阳内道场，建置华严法会。他向武则天谈起自己年青时曾炼指供养岐州法门寺舍利塔，是珍藏阿育王所提供佛舍利的胜地，于是武则天下令前往法门寺迎舍利。她这时82岁，身体已经不行，一月以后病情即恶化，想借助于法藏，乞灵于佛教，以求延年益寿。法藏到了今陕西扶风县，在塔前行道七昼夜，请出舍利，于除夕迎至大崇福寺，次年正月 11日送至洛阳，并且送还先前为 武则天讲《金师子章》时御赐给他的、倭进献的云海石108粒念珠，希望借以云海石祈福武则天病愈。11日送回洛阳时武则天下令王公百官和洛阳的善男信女，都制做精美华贵的幡华幢盖，由太常寺演奏庄严的乐曲，将舍利迎至明堂。正月15日，武则天“身心护净，头面尽虔”，请法藏捧持舍利，“普为善祷”。10个月后，武则天在洛阳上阳宫去世。随着李唐政权的恢复，长安再度成为政治中心，法藏也就永远地离开了洛阳，在长安从事活动，继续受着几代皇帝的高度尊崇。